La actriz compartió en Instagram una fotografía de los comienzos de su relación y una imagen de su luna de miel en Tailandia. La pareja se casó en 2014 y tiene dos hijos: Juana y Otto.
Marcela Kloosterboer celebró 19 años de relación con el empresario y exrugbier Fernando Sieling. La actriz publicó en sus historias de Instagram una fotografía de los comienzos de su romance con la frase «19 años juntos, te amo mi amor». También compartió una imagen de su luna de miel en Tailandia.
La historia de la pareja comenzó en 2007, aunque se conocían desde antes por amistades en común. Fernando Sieling era cercano a Tomás, hermano mayor de la actriz, con quien compartía la pasión por el rugby en el club Hurling. Marcela Kloosterboer solía acompañar a su hermano a los partidos y allí coincidía con Sieling. El romance se concretó durante una cena con amigos, cuando él le cantó una canción de amor.
Después de varios años de noviazgo, comenzaron a convivir en 2011. Se casaron por civil el 7 de noviembre de 2014 en un Registro Civil de Olivos. Una semana después, el sábado 15 de noviembre, celebraron la boda religiosa en la capilla Santa Teresita, ubicada en el colegio Moorlands, en Pilar. Luego se trasladaron a la estancia Carabassa, donde realizaron una fiesta para alrededor de 300 personas. Entre los invitados estuvieron Agustina Cherri, Eleonora Wexler y Carla Peterson, quien asistió junto a Martín Lousteau. La celebración incluyó un menú vegetariano, ya que la actriz es vegetariana desde pequeña, y una banda integrada por amigos de la pareja. Tras la boda, viajaron a Tailandia para su luna de miel.
El 22 de marzo de 2016 nació Juana, la primera hija del matrimonio, y el 29 de mayo de 2019 llegó Otto. La actriz suele mantener un perfil reservado sobre su intimidad, aunque comparte ocasionalmente postales de su vida familiar. En entrevistas, destacó la complicidad con su esposo y la importancia de acompañarse sin perder la individualidad, y mencionó que comparten pasiones como los viajes, el deporte y el esquí.